Doanh nghiệp bị thanh tra, kiểm tra thuế cần làm gì? Hướng dẫn xử lý và vai trò luật sư

Mục 01Doanh nghiệp bị thanh tra, kiểm tra thuế cần làm gì? Hướng dẫn xử lý và vai trò luật sư

Một quyết định thanh tra, kiểm tra thuế gửi đến doanh nghiệp luôn kèm theo áp lực: thời hạn cung cấp hồ sơ ngắn, rủi ro bị truy thu và xử phạt lớn, thậm chí nguy cơ chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra. Cách doanh nghiệp ứng xử trong những ngày đầu thường quyết định phần lớn kết quả cuối cùng. Bài viết tổng hợp quy trình pháp lý hiện hành, những thay đổi quan trọng từ ngày 01/7/2026 và cách luật sư hỗ trợ doanh nghiệp giảm thiểu thiệt hại.

Phân biệt kiểm tra thuế và thanh tra thuế

Nhiều doanh nghiệp dùng lẫn hai khái niệm, nhưng pháp luật phân biệt rõ. Kiểm tra thuế là hoạt động thường xuyên của cơ quan thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác của hồ sơ khai thuế, thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế hoặc tại trụ sở người nộp thuế. Thanh tra thuế có phạm vi rộng và chuyên sâu hơn, thường áp dụng với doanh nghiệp có ngành nghề kinh doanh phức tạp, quy mô lớn, có dấu hiệu vi phạm hoặc theo kế hoạch, chuyên đề.

Cả hai đều được điều chỉnh bởi Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 (hiệu lực từ 01/7/2020, áp dụng đến hết 30/6/2026) và từ 01/7/2026 sẽ áp dụng theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15. Hệ quả pháp lý của hai hoạt động này là như nhau: doanh nghiệp có thể bị truy thu, xử phạt và tính tiền chậm nộp.

Thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp

Theo Điều 110 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 đang áp dụng đến hết 30/6/2026, thời hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày công bố quyết định; trường hợp phạm vi lớn, nội dung phức tạp có thể gia hạn một lần không quá 10 ngày làm việc.

Từ 01/7/2026, theo điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, thời hạn kiểm tra được kéo dài: không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định, gia hạn một lần không quá 20 ngày; riêng doanh nghiệp có giao dịch liên kết là không quá 40 ngày, gia hạn không quá 40 ngày; trường hợp phải thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm. Doanh nghiệp cần nắm mốc thời gian này để xác định đúng quyền yêu cầu kết thúc kiểm tra đúng hạn.

Quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp khi bị kiểm tra, thanh tra

Doanh nghiệp có nghĩa vụ chấp hành quyết định kiểm tra, thanh tra; cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác thông tin, tài liệu liên quan; giải trình các nội dung theo yêu cầu; ký biên bản trong thời hạn quy định. Song song đó, doanh nghiệp có các quyền quan trọng: được nhận quyết định và biên bản, được giải trình, bảo lưu ý kiến trong biên bản, được khiếu nại quyết định xử lý, và được yêu cầu cơ quan thuế thực hiện đúng phạm vi, thời hạn ghi trong quyết định.

Trên thực tế, sai lầm phổ biến là doanh nghiệp cung cấp tài liệu một cách bị động, không kiểm soát, hoặc ký biên bản mà không bảo lưu ý kiến với các nội dung còn tranh chấp. Đây là lý do nên có luật sư hoặc bộ phận pháp chế tham gia ngay từ đầu.

Các mức xử phạt doanh nghiệp có thể đối mặt

Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP) về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn:

• Khai sai dẫn đến thiếu thuế: phạt 20% trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn quy định (Điều 16).
• Trốn thuế: phạt từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn tùy theo tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ (Điều 17).
• Tiền chậm nộp: mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 (áp dụng đến hết 30/6/2026; từ 01/7/2026 mức tiền chậm nộp do Chính phủ quy định theo Điều 16 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15).

Vi phạm với số tiền thuế từ 100.000.000 đồng trở lên hoặc giá trị hàng hóa, dịch vụ từ 500.000.000 đồng trở lên được xác định là vi phạm quy mô lớn, là tình tiết tăng nặng.

Thời hiệu xử phạt và thời hạn truy thu thuế

Theo Điều 137 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14, thời hiệu xử phạt đối với hành vi vi phạm thủ tục thuế là 02 năm; đối với hành vi trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự và hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế là 05 năm. Tuy nhiên, quá thời hiệu xử phạt, doanh nghiệp vẫn phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, tiền thuế trốn, tiền chậm nộp cho thời hạn 10 năm trở về trước kể từ ngày phát hiện vi phạm. Trường hợp không đăng ký thuế thì phải nộp cho toàn bộ thời gian trở về trước.

Khi nào rủi ro chuyển sang hình sự

Hành vi trốn thuế có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi, bổ sung 2017) khi số tiền trốn thuế từ 100.000.000 đồng trở lên, hoặc dưới mức này nhưng đã bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế hoặc đã bị kết án về một số tội liên quan mà chưa được xóa án tích. Ranh giới giữa “khai sai” và “trốn thuế”, giữa xử phạt hành chính và xử lý hình sự là vấn đề pháp lý phức tạp, cần đánh giá kỹ hồ sơ trước khi giải trình với cơ quan thuế.

5 việc doanh nghiệp nên làm ngay khi nhận quyết định

Thứ nhất, rà soát tính hợp pháp của quyết định: thẩm quyền ban hành, phạm vi, kỳ thanh tra/kiểm tra, thời hạn. Thứ hai, tập hợp và sắp xếp hồ sơ kế toán, hóa đơn, hợp đồng theo từng kỳ và từng sắc thuế. Thứ ba, tự rà soát nội bộ để nhận diện trước các rủi ro và chuẩn bị lập luận giải trình. Thứ tư, kiểm soát quá trình cung cấp tài liệu — chỉ cung cấp đúng phạm vi yêu cầu, có biên nhận. Thứ năm, tham vấn luật sư hoặc chuyên gia pháp chế thuế trước khi ký biên bản và trước khi đưa ra cam kết với cơ quan thuế.

HTIC tư vấn gì cho doanh nghiệp bị thanh tra, kiểm tra thuế?

Công ty Luật TNHH HTIC đồng hành cùng doanh nghiệp trong toàn bộ quá trình: rà soát tính hợp pháp của quyết định thanh tra, kiểm tra; soát xét hồ sơ và đánh giá rủi ro pháp lý trước khi làm việc với đoàn; xây dựng phương án giải trình; hỗ trợ doanh nghiệp tại buổi làm việc và khi ký biên bản; soạn thảo văn bản khiếu nại quyết định xử lý về thuế nếu cần thiết. Doanh nghiệp có thể chủ động kết nối với luật sư qua dịch vụ tư vấn pháp lý về thuế qua Zalo để được hỗ trợ nhanh, và tham khảo thêm các điểm mới trong quản lý thuế theo Nghị định 373/2025/NĐ-CP. Với hơn 15 năm kinh nghiệm kể từ khi thành lập năm 2011 và tiền thân là công ty tư vấn pháp chính, HTIC tập trung vào góc nhìn pháp lý chuyên sâu bên cạnh khía cạnh kế toán, giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi đúng quy định.

Câu hỏi thường gặp (FAQ)

1. Doanh nghiệp có quyền từ chối cung cấp tài liệu ngoài phạm vi quyết định không? Có. Doanh nghiệp có nghĩa vụ cung cấp tài liệu liên quan đến nội dung và kỳ thanh tra, kiểm tra ghi trong quyết định; với yêu cầu vượt phạm vi, doanh nghiệp có quyền đề nghị làm rõ căn cứ.

2. Có nên ký biên bản ngay khi đoàn yêu cầu? Doanh nghiệp nên đọc kỹ, ghi ý kiến bảo lưu đối với các nội dung chưa thống nhất trước khi ký. Biên bản là căn cứ quan trọng cho việc xử lý và khiếu nại sau này.

3. Nếu không đồng ý với quyết định truy thu, xử phạt thì làm gì? Doanh nghiệp có quyền khiếu nại quyết định hành chính về thuế theo quy định, hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án có thẩm quyền.

4. Tiền chậm nộp được tính thế nào? Hiện hành là 0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp (Điều 59 Luật 38/2019/QH14). Từ 01/7/2026, mức này thực hiện theo quy định của Chính phủ căn cứ Điều 16 Luật 108/2025/QH15.

5. Khi nào nên mời luật sư tham gia? Tốt nhất là ngay khi nhận quyết định, trước khi cung cấp tài liệu và giải trình, để kiểm soát rủi ro từ đầu thay vì xử lý hậu quả về sau.

6. Thời hạn kiểm tra kéo dài bao lâu là đúng luật? Đến hết 30/6/2026 là không quá 10 ngày làm việc (gia hạn 10 ngày làm việc); từ 01/7/2026 là không quá 20 ngày (gia hạn 20 ngày), doanh nghiệp có giao dịch liên kết là 40 ngày (gia hạn 40 ngày).

Liên hệ luật sư HTIC khi cần hỗ trợ khẩn

Nếu doanh nghiệp của bạn vừa nhận quyết định thanh tra, kiểm tra thuế hoặc đang trong quá trình làm việc với cơ quan thuế, hãy liên hệ HTIC để được hỗ trợ kịp thời. Nhắn tin qua Zalo OA của HTIC hoặc gọi Hotline 0379 044 299 để trao đổi nhanh với luật sư. Email: ls.tqhung@gmail.com.

Bài viết HTIC tổng hợp – Cập nhật 02/06/2026.